離子對色譜的固定相為疏水型的中性填料，可用苯乙烯二乙烯苯樹脂或十八烷基硅膠(ODS)，也有用C8硅膠或CN，固定相流動相由含有所謂對離子試劑和含適量有機溶劑的水溶液組成，對離子是指其電荷與待測離子相反，并能與之生成疏水性離子，對化合物的表面活性劑離子，用于陰離子分離的對離子是烷基胺類如氫氧化四丁基銨氫氧化十六烷基*烷等，用于陽離子分離的對離子是烷基磺酸類，如己烷磺酸鈉，庚烷磺酸鈉等對離子的非極性端親脂極性端親水，其CH2鍵越長則離子對化合物在固定相的保留越強，在極性流動相中，往往加入一些有機溶劑，以加快淋洗速度，此法主要用于疏水性陰離子以及金屬絡合物的分離，至于其分離機理則有3種不同的假說，反相離子對分配離子交換以及離子相互作用。  

離子色譜儀的基本操作步驟  

1、開機前的準備：打開實驗室空調，根據樣品的檢測條件和色譜柱的條件配置所需淋洗液和再生液。  

2、開機：依次打開打印機、計算機進入操作系統;打開氮氣鋼瓶總閥，調節鋼瓶減壓閥分壓表指針為0.2MPa左右，再調節色譜主機上的減壓表指針為5psi左右，確認離子色譜儀與及計算機數據線連接正常，打開離子色譜主機電源;點擊開始、程序、Chromeleon、severmonitor、雙擊桌面上工作站程序、雙擊安裝目錄下離子色譜操作控制面板;操作控制面板打開后選中connected使軟件與離子色譜儀聯動起來，打開泵頭廢液閥排除泵和管路里的氣泡，關閉泵頭廢液閥，開泵啟動儀器，查看基線，待基線穩定后方可進樣分析  

3、樣品分析：建立程序文件；建立方法文件；建立樣品表文件;加樣品到自動進樣器或手動進樣；啟動樣品表;若是手動進樣，按系統提示逐個進樣分析。  

4、數據處理：建立標準曲線；打印標準曲線；打印待測樣品分析報告  

5、關機：關閉泵，關閉操作軟件；關閉離子色譜主機電源；關閉氮氣鋼瓶總閥并將減壓表卸壓；關閉計算機、顯示器和打印機電源。