離子色譜柱使用純水進行沖洗是錯誤的。因為在一般情況下，如果直接使用純水對離子色譜柱進行沖洗，很容易導致離子色譜柱中的固定相流失并且出現相塌陷現象，因此一般情況下并不建議直接使用純水對離子色譜柱進行沖洗的。通常我們在對離子色譜柱進行沖洗時，是建議在純水中加入甲醇或乙腈等物質，再對離子色譜柱進行沖洗，這樣的對離子色譜柱進行沖洗一般不會對離子色譜柱造成影響。而離子色譜柱之所以不能直接用純水進行沖洗的原因分析有以下幾點：

　　1.一般離子色譜柱的材質不允許長時間被純水沖洗。由于現今大部分離子色譜柱以硅膠為基質，而硅膠的性質卻是其溶解度在純水中會比一般含有有機溶劑中要大得多，因而使用純水對離子色譜柱進行沖洗，會讓離子色譜柱中的硅膠材質產生溶解，長時間的純水沖洗會導致離子色譜柱中的固定相流失，從而降低了離子色譜柱的柱效。

　　2.對一般C18柱來說，因為C18長鏈本身是溶解在水中的，而且C18長鏈之間的相互作用力是大于C18和水分子之間的作用力的，所以如果長時間的用純水對離子色譜柱進行沖洗，會讓C18長鏈之間相互靠近，并且使得相互聯結的C18長鏈在硅膠質地的基質表面上倒伏，對疏水性物質的保留能力會因此下降，即相塌陷。為了給只能溶解在純水中的樣品提供分析條件，有些企業推出適合做離子色譜柱沖洗的純水柱，這種純水柱不會產生相塌陷，因而可以對只溶解在純水中的樣品進行分析了。

　　3.如果離子色譜柱中使用過含緩沖鹽的流動相時，用純水沖洗并不能將緩沖鹽洗去。這是因為緩沖鹽本身是難溶于有機溶劑中的，C18反相柱中用到的填料是在硅膠表面上接上的C18長鏈，這相當于一個疏水的有機相，并且因為硅膠基體被有機物質包裹著，所以在操作時使用緩沖鹽水溶液做流動相時緩沖鹽可能不容易到達硅膠基質，不至損害基體。但是使用的流動相一般來說通常會有一些有機溶劑，而且這些有機溶劑和C18長鏈是互相溶解的，因此有機溶劑的加入增強了流動相滲入硅膠基質的能力，能讓一部分的緩沖鹽與硅膠基質接觸。所以直接用純水沖洗離子色譜柱只能沖洗其表面的緩沖鹽，但是滲入到離子色譜柱中深處的緩沖鹽仍舊會殘留在那里。所以建議在沖洗離子色譜柱的時候，在純水中加入一部分有機溶劑，水和有機溶劑的比例視情況而定，這樣含有有機溶劑的水便能對離子色譜柱進行沖洗了。